Serviciul de presă al başcanului Autonomiei Găgăuze a anunțat că în viitorul apropiat Oficiul teritorial al Cancelariei de Stat și-ar putea înceta activitatea. Potrivit presei de la Chișinău, funcţiile organului guvernamental vor fi preluate de Direcţia de Relaţii Externe şi Autorităţi Publice Locale, recent create în cadrul Comitetului Executiv al Găgăuziei. Pentru aceasta este necesară o reuniune comună a Comitetului Executiv şi Prezidiului Adunării Populare a Găgăuziei care să opereze modificările legislative necesare.
În 2011, autorităţile Găgăuziei şi administrația de la Chișinău au avut divergențe legate de amendamente din Statutul aleșilor locali care prevedeau, printre altele, controlul de legalitate al oficiilor teritoriale ale Cancelariei de Stat asupra actelor emise de başcanul Găgăuziei, Comitetul Executiv al Găgăuziei şi legilor şi hotărârilor adoptate de Adunarea Populară a Găgăuziei. La vremea respective, conducerea regiunii susținea că deciziile autorităților de la Chișinău pun pe picior de egalitate UTA Găgăuzia cu raioanele din Moldova, deși, în opinia lor, autonomia are propriile mecanisme de control asupra deciziilor adoptate.