Comisia Europeană a decis să trimită Bulgaria și România în fața Curții de Justiție a Uniunii Europene pentru neîndeplinirea integrală a obligațiilor legate de colectarea și epurarea în mod corespunzător a apele uzate urbane (Directiva 91/271/CEE). Potrivit directivei europene, orașele (aglomerările urbane) trebuie să creeze infrastructura necesară pentru colectarea și epurarea apelor lor uzate urbane. Apele uzate necolectate sau neepurate pot pune în pericol sănătatea umană și pot polua lacurile, râurile, solul, apele subterane și costiere. Atât Bulgaria, cât și România au beneficiat de derogări pentru a se conforma directivei menționate în temeiul tratatului lor de aderare.
În Bulgaria, 10 mari aglomerări urbane (care au peste 10.000 de locuitori) nu îndeplinesc cerințele prevăzute în directivă referitoare la sistemele de colectare, iar în 20 de mari aglomerări, apele uzate urbane care intră în sistemele de colectare nu sunt epurate corespunzător. În 30 de mari aglomerări, Bulgaria nu asigură o epurare mai riguroasă înainte de a evacua apele uzate în zone sensibile. Toate aceste aglomerări ar fi trebuit să se conformeze până la 31 decembrie 2010.
În România, sunt 150 de mari aglomerări urbane (peste 10.000 de locuitori) care nu îndeplinesc cerințele prevăzute în directivă referitoare la sistemele de colectare. În 154 de aglomerări, apele uzate urbane care intră în sistemele de colectare nu sunt epurate corespunzător. În 155 de mari aglomerări, România nu asigură o epurare mai riguroasă înainte de a evacua apele uzate în zone sensibile. Toate aceste aglomerări ar fi trebuit să se conformeze până la 31 decembrie 2015.
Comisia a trimis Bulgariei o scrisoare de punere în întârziere în iulie 2017, urmată de un aviz motivat în mai 2020 și României – o scrisoare de punere în întârziere în iunie 2018, urmată de o scrisoare suplimentară de punere în întârziere în octombrie 2020 și de un aviz motivat în februarie 2022. Scrisoarea suplimentară de punere în întârziere a fost trimisă României pentru a include unele mari aglomerări urbane care nu fuseseră incluse în domeniul de aplicare al scrisorii inițiale de punere în întârziere din iunie 2018.
Potrivit Directivei privind tratarea apelor urbane reziduale, statele membre trebuie să dispună de sisteme de colectare pentru toate aglomerările care au cel puțin 2.000 de locuitori.
În cazul în care instituirea unui sistem de colectare nu este justificată, în special pentru că ar implica costuri excesive, pot fi utilizate sisteme individuale sau alte sisteme adecvate, cu condiția să atingă același nivel de protecție a mediului. Statele membre trebuie, de asemenea, să se asigure că evacuările provenite de la stațiile de epurare a apelor uzate urbane care deservesc aglomerări care au cel puțin 2.000 de locuitori respectă cel puțin nivelul de epurare secundară (constând în epurarea materiilor organice din apele uzate urbane), înainte de a fi evacuate în mediu. În cazul în care o aglomerare își evacuează apele uzate într-o zonă sensibilă, trebuie să se asigure că apele respective sunt supuse unei epurări mai riguroase decât cea secundară.
Deși autoritățile naționale sunt cele care au responsabilitatea principală în ceea ce privește respectarea directivei, Bulgaria și România au beneficiat de o finanțare substanțială din partea UE pentru epurarea apelor uzate urbane prin proiecte din cadrul politicii de coeziune.