România, prin Suceava, a predat R. Moldova președinția rotativă a Consiliului Euroregiunii „Prutul de Sus”. În următorul an, euroregiunea va fi coordonată de primarul din Bălți (R. Moldova), Vasili Panciuk, căruia i-a revenit președinția.
Euroregiunea „Prutul de Sus” reprezintă o structură administrativă de cooperare transfrontalieră între România, R. Moldova și Ucraina, concretizată sub forma unei euroregiuni.
Iniţiativa privind instituţionalizarea cooperării transfrontaliere a fost lansată de preşedintele României la începutul anului 1997. Ea a fost materializată puţin mai târziu, în cadrul summit-ului de la Ismail din 3-4 iulie 1997 prin semnarea de către preşedinţii celor trei state a „Declaraţiei privind cooperarea transfrontalieră” şi, la nivel guvernamental, a protocolului de colaborare trilaterală.
Pentru început, Ucraina a propus ca în cadrul euroregiunii colaborarea să fie axată exclusiv pe problemele ecologice. Ecoeuroregiunea trebuia să includă la prima etapă doar regiunea Cernăuţi şi judeţele Botoşani şi Suceava, iar în a două etapă la Ecoeuroregiune se preconiza aderarea câtorva raioane din nordul R. Moldova.
În martie 1999, după câteva şedinţe de lucru la nivel de experţi, Acordul privind crearea Euroregiunii a fost finalizat şi se preconiza semnarea lui cu prilejul unei întâlniri a preşedinţilor României şi R. Moldova cu prilejul vizitei lor în Ucraina. Evenimentul a fost, însă, amânat din cauza întârzierilor în redactarea documentelor privind reforma administrativ-teritorială a R. Moldova. Ulterior, la nivelul autorităţilor publice locale, au fost desfăşurate acţiuni pentru constituirea Euroregiunii. Aceste acţiuni s-au încheiat la Botoşani, la reuniunea şefilor administraţiilor publice locale din 22 septembrie 2000, când a fost semnat Acordul privind crearea Euroregiunii “Prutul de Sus”. La aceeaşi reuniune, au fost adoptate hotărârile privind constituirea Consiliului Euroregiunii, alegerea Preşedintelui în Exerciţiu al Consiliului Euroregiunii, a fost aprobată simbolica Euroregiunii şi componenţa Comisiilor de lucru.
Conform Statutului în componenţa euroregiunii intră: din partea României – judeţele Suceava şi Botoşani, din partea R. Moldova – municipiul Bălți, raioanele Briceni, Edineț, Râșcani, Glodeni, Fălești, Sângerei, Dondușeni și Ocnița şi din partea Ucrainei – regiunea Cernăuţi și Ivano-Frankivsk (Ucraina),
Organul suprem de conducere al euroregiunii este Consiliul, format din conducătorii unităţilor administrativ-teritoriale membre ale Euroregiunii. Preşedintele în exerciţiu al Consiliului euroregiunii conduce activitatea Consiliului. Organele executive ale euroregiunii sunt 4 comisii de lucru constituite pe domenii de activitate, care organizează şi coordonează activitatea euroregiunii în aceste domenii.
Partenerul european asociat al Euroregiunii este Pământul Federal Karintia (Austria).